- CHRONO-ENVIRONNEMENT - Laboratoire Chrono Environnement (UMR 6249) 7206
- CLF - Centre Lucien Febvre (UR 2273) 879
- CRESE - Centre de REcherche sur les Stratégies Economiques (UR 3190) 583
- CRIT - Centre de Recherches Interdisciplinaires et Transculturelles (UR 3224) 868
- CRJFC - Centre de recherches juridiques de l'Université de Franche-Comté (UR 3225) 917
- ELLIADD - Edition, Littératures, Langages, Informatique, Arts, Didactique, Discours - UFC (UR 4661) 2537
- EPILAB - Épigénétique des infections virales et des maladies inflammatoires (UR 4266) 344
- FEMTO-ST - Franche-Comté Electronique, Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) 15311
- ISTA - Institut des Sciences et Techniques de l'Antiquité (UR 4011) 1959
- LDA - Logiques de l'Agir (UR 2274) 924
- LMB - Laboratoire de Mathématiques de Besançon (UMR 6623) 1310
- MSHE - Maison des Sciences de l'Homme et de l'Environnement Claude-Nicolas Ledoux (UAR 3124) 1509
- RESEAU-EDENI - Réseau EDEN.i 5
- THEMA - ThéMA - Théoriser et Modéliser pour Aménager (UMR 6049) 2333
- UTINAM - Institut UTINAM - Univers, Temps-fréquence, Interfaces, Nanostructures, Atmosphère et environnement, Molécules (UMR 6213) 2779