Sciences de l’homme et humanités - SHH
CLF - Centre Lucien Febvre (UR 2273)
CRIT - Centre de recherches interdisciplinaires et transculturelles (UR 3224)
ELLIADD - Edition, langages, littératures, informatique, arts, didactique, discours (UR 4661)
ISTA - Institut des sciences et techniques de l’Antiquité (UR 4011)
Laboratoire de psychologie - (UR 3188)
LASA - Laboratoire de sociologie et d’anthropologie (UR 3189)
LdA - Logiques de l’Agir (UR 2274)
Sciences de la nature, environnement et territoire - SNET
CHRONO-ENVIRONNEMENT- Laboratoire Chrono-Environnement (UMR 6249)
ThéMA - Théoriser et Modéliser pour Aménager (UMR 6049)
Sciences de la santé et du sport - 3S
C3S - Culture, sport, santé, société (UR 4660)
Carcinogénèse associée aux HPV : facteurs prédictifs et pronostiques (UR 3181)
EPILAB - Epigénétique des infections virales et des maladies inflammatoires (UR 4266)
Laboratoire de recherche intégratives en neurosciences et psychologie clinique (UR 481)
NIT - Laboratoire de nanomédecine, imagerie, thérapeutique (UR 4662)
PEPITE - Pathologies et épithéliums : prévention, innovation, traitements, évaluation (UR 4267)
RIGHT - Intéractions hôte-greffon-tumeur et ingénierie cellulaire et génétique (UMR1098 INSERM-EFS)
Sciences fondamentales et sciences pour l’ingénieur - SFSPI
LMB - Laboratoire de Mathématiques de Besançon (UMR 6623)
UTINAM - Institut UTINAM (UMR 6213)
Sciences juridiques, économiques et de gestion - SJEG
CREGO - Centre de recherche en gestion des organisations (UR 7317)
CRESE - Centre de recherche sur les stratégies économiques (UR 3190)
CRJFC - Centre de recherches juridiques de l’Université de Franche-Comté (UR 3225)
Structures fédératives
BFC-Math- Fédération Bourgogne Franche-Comté Mathématiques (FR 2011)
FCLAB (Fuel Cell LAB) : vers des systèmes pile à combustible efficients (FR 3539)